Diese olle macke von thunderbird hat mich schon ewig genervt.

um ggf. ein überschreiben durch thunderbird zu vermeiden, empfiehlt sich im gleichem verzeichniss eine Datei namens “user.js” mit den gleichen Dateirechten wie “pref.js” an zu legen und den Code dort ab zu speichern. u.U. muss man schauen ob die einstellungen in beiden Dateien wiederspüchlich sind und sie aufeinander anpassen.

see:
http://www.mozilla.org/unix/customizing.html#prefs